鸡舍消毒的目的是给鸡群在饲养过程中创造一个良好的干净舒适的环境，清除以往鸡群遗留下来的和外界环境中的病原体（细菌和病毒等）。养鸡生产中鸡舍消毒的好坏直接影响到鸡群的健康，必须做好鸡舍的消毒工作。除此之外，还必须选择杀灭病原体效果好的消毒剂，并且无残留，制定合理的鸡舍消毒程序及消毒后效果的检测等。
(一)消毒剂的选择 应选择广谱高效，对鸡的各种传染病，尤其是病毒性传染病的病原体有强大杀灭作用的消毒药。根据结构的不同，病毒可分为有囊膜和非囊膜两种，具有亲脂特性的消毒剂对囊膜病毒是有效的，如酚类制剂为阳离子表面活性剂；季胺盐类等消毒剂对禽常见囊膜病毒是有效的（如鸡新城疫病毒、马立克氏病毒、鸡传染性喉气管炎病毒等），但对非囊膜病毒的效果差（如传染性法氏囊病毒、鸡传染性贫血病毒等非囊膜病毒），必须用高效消毒剂才能将其杀灭。常用的高效消毒剂有碱类、过氧化物类、氯制剂和碘制剂等。如消毒剂“普灭”，成分为双链季胺盐戊二醛，对有囊膜和非囊膜病毒、支原体、真菌等均有杀灭作用，无残留、长效等特点，是理想的消毒剂。
(二)消毒程序 鸡舍的消毒分为空舍消毒和带鸡消毒。空舍消毒首先应清除舍内的粪便、垫料、死鸡及垃圾等，用高压水枪从上至下地冲洗鸡舍棚、四壁窗户和门、鸡笼、饮水器（槽）、食槽及设备等。待干后地面及1米以下的墙壁用2%～3%火碱刷洗，再用清水冲，干后用1∶3 000倍“普灭”放入喷雾器内对鸡舍从上至下喷雾消毒，把天棚、墙壁、地面及饲养用具喷湿。将灭鼠药撒入整个鸡舍。把鸡舍封闭好，按42毫升/立方米甲醛（40%甲醛）配21克高锰酸钾计算，在熏蒸时用甲醛溶液加入2倍量的水，注意不要将高锰酸钾加入甲醛中，以免溅出灼伤人，应将加水的甲醛溶液缓缓加入放有高锰酸钾的容器中，容器应选陶瓷或金属制造的，不要选用塑料等不耐热的容器，容器的容积应大于甲醛溶液加热后容积3～4倍，加完高锰酸钾后人员立即离开。舍温要求20℃以上，湿度应保持70%以上，熏蒸24小时再打开门窗和排风机通风，放出甲醛气味，大约通风1周。进雏前使用1∶3 000倍稀释浓度“普灭”装入喷雾器内在鸡舍内从上到下喷雾消毒一遍再接雏。带鸡消毒，将“普灭”1∶3 000倍稀释，每天或隔天清洗料盘和饮水器（槽）。
将“普灭”1∶3 000倍稀释或用2%～3%火碱溶液放入鸡舍门前脚踏盘（池）中对鞋底进行消毒，夏季每天换1次，冬季2～3天更换1次；用1∶3 000倍稀释“普灭”带鸡消毒，夏天每天1次，冬季2～3天消毒1次。“普灭”可用于饮水消毒，浓度为1∶15 000～20 000倍。接种疫苗时当天、前一天和后一天不能使用饮水消毒，饮水消毒不需要每天进行，间隔进行即可。鸡舍周围可使用2%～3%火碱喷雾消毒。
(三)消毒注意事项 使用的消毒剂不能随意混合，防止彼此发生拮抗作用。消毒可以轮换使用，免得产生抗药性。消毒时必须彻底清除鸡舍内有机物，如粪便、化学物质、分泌物、污物、饲料残渣等，因有机物消毒效果差。
养鸡户使用消毒药消毒鸡舍一定注意消毒剂的浓度，每一种消毒剂都有它的最低有效浓度，若低于该浓度就会失去杀菌能力，但浓度也不宜过高，过高的浓度往往对消毒对象不利，有的具有腐蚀性、刺激性或毒性。因此，在使用消毒剂消毒时应按照说明书正确使用。
